入院が決まったチョコザイ（中居正広）を病院に送り届けた舞子（栗山千明）。今まで面倒を見てきた舞子を無視するかのように看護師について行くチョコザイに、舞子は少し寂しさを覚えていた。
直後、チョコザイを追う謎の男・ラリー（村上弘明）が病院に現れ、チョコザイを車に乗せて連れ去った。その車の中で聞いた警察無線にチョコザイは「ミッション・アクセプト…」とつぶやき車を降りようとするが、「日本でのトレーニングは終了した」とラリーは告げる。
同じ頃、小型飛行機が樹木に衝突し、パイロットの橋田透（永岡佑）が亡くなったという連絡が入り、沢（北村一輝）たちは捜査を始めた。無許可飛行でシートベルトをしていなかったこと、死亡推定時刻など考えると、事故か自殺の可能性が高いという調査官。またしても「捨て山」だと野崎（千原せいじ）は判断するが舞子は納得がいかない。
その時、亡くなった透の婚約者・鈴原理子（木村文乃）と名乗る女性が現れ、「彼が自殺するはずがない！」と言い張った。理子に詳しい話を聞こうとする舞子。するとそこに、病院にいるはずのチョコザイがやってきて捜査を始めた。
後日、事件を調べるため舞子が透の勤めていた会社・フライトサービスへ行くと、理子から依頼されたという民間の事故鑑定士・公原（平岡祐太）が事故を調べており、「事故が自殺かは、僕が鑑定します」と冷たく告げる。
沢と舞子は、遺体写真などを持って鑑識課の玲志（田中哲司）に見せるが、脳の損傷状態から見ても事件性は無いと判断するしかなかった。しかしチョコザイは捜査資料を眺めて、事件性をほのめかす。
その頃、公原は「離陸するスピードだったが、操縦桿を引いた形跡が無い」として、自殺の可能性が大きい、と鑑定していた。依頼者側の事故鑑定人が自殺を主張するのは、依頼者の不利益になるため不自然だと考えた沢は、公原について調べることにした。また、婚約者・理子がパイロット橋田透と婚約していたことを証明する人物についても居ないため、理子についても調べることにした。
捜査の結果、公原と、婚約者の理子の2人は幼なじみだと判明した。
沢は公原にその事実を追及するが、公原は「科学的に分析した結果、自殺と判断した」と答える。
再びチョコザイが捜査資料から不自然な飛行機を発見し、公原が滑走路を調べると、滑走路を横切る様に出来たタイヤ痕を発見した。
その結果、公原は、今回の事故を「橋田は、左から来た飛行機を避けるため、ハンドルを右に切り、フェンスに激突した」と再鑑定した。その飛行機を操縦していたのがパイロット弓削だった。弓削は橋田と交際しており、突然別れを切り出されたことを逆恨みし、犯行に及んだのであった。
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