いつもはＣＰＳの捜査協力に対し懐疑的な管理官の藤堂（小澤征悦）が珍しく自らＣＰＳへ捜査協力依頼にやってきた。
だが、藤堂の依頼内容はなんと身内である柘植（ユースケ・サンタマリア）のプロファイリングだった。理由は前夜に起こった射殺事件で、事件の凶器となった拳銃が柘植の拳銃だと判明したためだった。
５年前、柘植は４人組の女性が被害を受けた誘拐監禁殺人事件を捜査。犯人グループの潜伏先を突き止めた柘植は単身で乗り込み、たった一人生き残っていた被害者を救出する。
だが、その後柘植は現場に残っていた犯人の一人・柿本敏也（清水優）を確保しようとしたところ、背後から何者かに襲われ、気を失ってしまい記憶のない間に、敏也が自分の銃で射殺されてしまっていたのだった。
犯人グループの残り３名は逃亡中で、柘植の拳銃もその事件以来紛失していたのだが、今回の事件でその紛失していた柘植の銃が使用され、しかも被害者が逃亡中の犯人の一人・三井貴司（佐々木卓馬）だったと判明。藤堂はＣＰＳの面々に、事件の容疑者として逃亡中の残りの犯人二人に加え、柘植も視野に入れて捜査すると話す。
結城（木村多江）は仲間のプロファイリングは行わないと皆に命じるが、翔子（北川景子）は逆に柘植を助けるためには過去の柘植の事件をプロファイリングするべきだと主張。寺田（要潤）と新堀（平岡祐太）は今回の射殺事件現場に分析捜査に向かうが、対する翔子は５年前の事件現場へと向かう。
現場を訪れた翔子はそこで、偶然現場に花を手向けにきていた被害者の唯一の生き残り宮下麗華（市川由衣）と出会う。
一方、捜査本部では三井の射殺現場から柘植の指紋が発見されたうえに、目撃証言も入り、藤堂は柘植を重要参考人として緊急手配する。
そんな中、犯人グループの一人・大川がマンションの一室で殺害されているのが見つかった。大川は三井と同じように柘植の拳銃で殺害されていた。これを受けて翔子たちは柘植のプロファイリングを行う。そこで結城は柘植の過去について語った。
柘植は妹を誘拐事件で失っていたのである。そのことから、５年前の誘拐事件でも単身で乗り込み、記憶を失ってしまったのだった。
翔子たちは再び被害者の宮下に話を聞きに行った。何も覚えていないと言う宮下だったが、音について何か聞かなかったかと聞かれて、銃声とバットのようなものを投げ捨てる音を聞いたと話した。
現場へ向かい、検証を行うも、宮下がいたとされる部屋から柿本敏也が殺害された部屋の音は何も聞こえなかった。このことから翔子は宮下は嘘をついているのではないかと疑い、５年前に実際に柿本敏也を殺害し、柘植の拳銃を持ち去ったのは宮下で、柘植は撃っていなかったと確信した。
柘植から残る一人の柿本弘也を見つけたと連絡を受けた捜査本部は、現場へ向かい、柘植と対峙した柿本を見つけ、逮捕した。そして、宮下も…。
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