黒田康作（織田裕二）が調べる霜村毅（香川照之）が関与する一連の殺人事件の裏には、アメリカに本社をもつブライトン製薬がかつて起こしたアトロンという薬の訴訟問題が絡んでいた。事件の真相に近づく大垣利香子（柴咲コウ）を襲った山路貴繁（岩松了）の息子も、アトロンの副作用で亡くなっていた。
黒田は山路のほかにも霜村の共犯者がいると、利香子を伴って佐々木藍子（片瀬那奈）のマンションへ。藍子もアトロンで妹を亡くしていたのだ。マンションには、すでに新居田一彦管理官（田中哲司）たちが家宅捜査に来ていた。協力を求める新居田に、黒田は訴訟問題とは無関係に思える柏田勉（八神蓮）殺害は、何らかの口封じだろうと話す。だが、黒田も新居田もお互いが持つカードを全て話すような事はしなかった。
マンションを出ると、黒田は利香子に君島祐太朗（西島隆弘）の身辺調査と、山路と関係が深い前科者の洗い出しを頼む。黒田は、霜村が次の行動を起こすと睨んでいた。
黒田は外務省にも網を張っていた。観上祥子外務副大臣（草刈民代）に倫世（紺野まひる）の検死調書を閲覧した人間を教えて欲しいと頼む。しかし、祥子には斉藤修助外務大臣（近藤正臣）から、黒田には霜村の件から手を引かせるよう圧力がかけられた。また、斉藤は元内閣総理大臣矢田部誠一郎（平泉成）、ブライトン製薬幹部と会食。そこで、矢田部は一連の事件の犯人逮捕に向けて警視庁に話を通したと告げる。
利香子の前科者調査は終了。しかし、その中から霜村の潜伏先を調べることは困難を極めた。一方、新居田たちも、山路からメモを入手したものの潜伏先の特定に苦慮していた。そんな中、利香子は霜村の居場所を捜査していると、瑠衣（夏帆）に話してしまう。瑠衣は祐太朗に連絡。
刑事課にいた利香子は、ある出来事から霜村の潜伏先を突き止める。それは、すでに人が住んでいる建物だった。黒田は、西園寺守（田中圭）を使ってロベルトとエルナンドの肉親が、ともにブライトン製薬の施設で治療を受けていたことを突き止める。そこに、利香子から霜村の潜伏場所がわかったと連絡が入る。
黒田は公園で利香子と会う。その時、黒田は乳母車を押す母親をいきなりねじ伏せた。乳母車には赤ちゃんの姿はなく、通信機材が積まれている。それは、黒田の動きを探っていた公安の人間だった。
黒霜村の潜伏先へ急ぐ黒田と利香子。しかし、一足先に着いた瑠衣が大声を上げて逃がしてしまう。建物には公安も乗り込んできた。公安は佃署にも踏み込み、山路の身柄を本庁に移してしまう。また、黒田にも霜村の件にこれ以上関わるなと忠告した。
その頃、祥子は取り寄せた悠木圭一（萩原聖人）の資料にある文字が書かれていることに目を留める。一方、霜村を逃がした瑠衣は、公安に追われる祐太朗と会っていた。
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