日本国外務省の外交官、黒田康作（織田裕二）は、上司の安藤庸介（鹿賀丈史）から邦人保護の密命を受け、世界各地を転々としている。南米で発生した日本人の誘拐事件を解決した黒田が、次に向かったのはサンフランシスコ。目的はＷＴＯ農業交渉会議で現地を訪れる外務副大臣、観上祥子（草刈民代）の警護だ。
サンフランシスコに入り、会議の警備状況を確認した黒田は情報屋のジョン（イ・ビョンホン）と会い、ＦＢＩの動きを聞く。その後、黒田は元外交官の霜村毅（香川照之）と再会。11年前、メキシコ領事館に勤務していた黒田と霜村には、浅からぬ因縁があった。別れ際、霜村は黒田に"すまない"と謎の言葉を残す。
その頃、日本では佃署管内で、大学教授の殺害事件が発生していた。遺体の第一発見者は佃署の刑事、大垣利香子（柴咲コウ）。利香子は、遺体発見時の違和感を上司に訴えるのだが相手にしてもらえない。
農業交渉会議では祥子が過激派に襲われそうになるのだが、黒田の機転で事なきを得る。なぜ過激派が簡単に潜入できたのか？ 内通者を疑う黒田は単独で事件現場を調査。しかし、現場には弾痕がない。黒田は、祥子に外務省と米国側が仕組んだ出来事だろうと迫る。祥子には渡米前のスキャンダル払拭のきっかけとなり、外務省にとっては牛肉輸出規制緩和の国民からの批判を遠ざけることが出来たからだ。祥子は否定することはなかった。
一方、佃署管内の殺人事件も、足跡や指紋、遺留品から容疑者が浮かび上がる。なんと、その容疑者は霜村。利香子は、霜村の遺体や証拠品の確認のため彼の娘、瑠衣（夏帆）とサンフランシスコへ。黒田は、そんな2人を待受けた。
瑠衣は、遺体が父であることを確認。火葬後、遺骨を巻くためチャイナビーチへ。そんな瑠衣を見守っていた利香子は、黒田になぜ霜村が自殺するためにサンフランシスコまで来たのかと問いかける。さらに黒田は、霜村が殺害した男の死体が午前中にはなかったという利香子の証言が事件の報告書に掲載されなかったことを知る。もし、午後に死体が遺棄されたとしたら、その頃サンフランシスコ行きの飛行機に乗っていた霜村には不可能なのだ。黒田は、利香子に事件を終わらせないよう上司に掛け合えと告げる。
利香子たちと別れた黒田が自分のアパートに戻ると不審者が忍び込んでいた。黒田は、慌てて逃げ出した男を追う。すると、その男は崖から転落して死んでしまった。その男は、霜村の検死を担当した吉野医師（利重剛）だった。サンフランシスコ警察で黒田が取調べを受けていると、ＣＩＡの助け舟が入る。やってきたのは、ジョンだった。
黒田は霜村の殺害事件、その死の真相を知るべく帰国。外務省中米カリブ課に自ら異動する。
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