瀬川里央（松下奈緒）のもとに大井町署の元上司・藤本俊昭（半海一晃）から、書店で起きた窃盗事件で指紋を採取したら、客の1人の指紋が里央の父親を刺した犯人の指紋と一致したとの連絡が入った。翌日、鑑識を訪ねる予定だと話す藤本と会う約束をする里央。
その夜、帰宅途中の南雲準（藤木直人）が何者かに襲われた。気絶した南雲が目を覚ますと車の中で、目出し帽をかぶった男は南雲が警察に協力していることを知ったうえで、犯罪に手を貸して欲しいと言う。一度は断った南雲だが、目の前に薬で眠らされた別れた妻子の映像を出され、承諾せざるを得ない状況に。
翌日、誘拐事件が発生した。犯人の指名で捜査課が捜査することになるが、誘拐されたのは会社社長・安斉昭典（陣内孝則）の娘で南雲の教え子でもある安斉千尋（奥村佳恵）だった。捜査課と里央と南雲が安斉家にそろうと、犯人から電話が入り1億円を要求してきた。電話の声を分析した南雲はお金を出さなければ娘は殺されると断言し、さらにメールで千尋が拘束されている写真が送られてきた。安斉は会社の取引のために用意していた1億円を支払うことを決意。一方、送られてきた写真を分析すると位置情報が残っていたことが判明し、寺西景（横山裕）と江藤真人（与座嘉秋）はその場所へ向かう。
犯人に支払いの意思を伝えると再び電話がかかってきた。犯人は現金を運ぶ係に「心理学の先生」と、南雲を指定してきた。現金を受け取るために安斉の会社に行く途中の車内で里央は南雲の無神経な発言を責めるが、南雲は小声で自分も怖いんだとつぶやき里央の手を強くにぎりしめた。
現金の準備が進む中、寺西たちは位置情報を頼りに廃工場に着いていた。一方、里央は手を握られた際に南雲から渡されたメモで、南雲も犯人に脅されていて音声も聞かれていることを知る。やがて犯人から連絡が入り、現金の運搬方法を指定してきた。指示に従い、社用車で安斉の秘書である山根勇（袴田吉彦）が運転し、南雲が後部座席に座り、指定場所に向かう。
南雲につけた発信機をもとに小板橋正次（勝村政信）が指示を出し、里央や岩崎幹也（北村有起哉）らが後を追っていた。移動中、犯人から再び指示があり南雲は現金の入ったキャリーケースを手にショッピングモールを歩く。そこで犯人から新たな連絡が入るが、電波障害が起こり傍受していた小板橋らには犯人の声が聞こえなくなってしまう。里央も岩崎も南雲を見失うが、南雲は別の出口から出て山根が待っていた車に戻っていた。
犯人の指示で公園へ向かうため車をスタートさせると、岩崎らも追跡。公園に到着すると、南雲は指示に従い陸橋へ上がり下を通るトラックの荷台にキャリーケースを落とした。同じ頃、寺西と江藤が廃工場内で千尋を発見。犯人はおらず、人質を無事に救出した。寺西から連絡を受けた小板橋はトラック運転手の逮捕を命令。
工場内を見て回っていた寺西は別室で男が毒殺されているのを発見。それは南雲を拉致した内の1人だった。一方、トラックから回収したキャリーケースの中が新聞紙であることが発覚。直後、小板橋に南雲から電話が入った。脅されていたことを話した南雲は、さっきのショッピングモールでキャリーケースをすり替えていたことと、そのケースを持っていった男・沼田（ムロツヨシ）を里央が追いかけていることを告げた。
人質救出のメールを受けた里央は沼田に銃を向けて止まるように指示。すぐに確保したが、沼田は3万円をもらっただけだと言う。慌ててキャリーケースを確認すると、そこには新聞紙が詰まっていた。
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